1、性质不同。
刑事拘留是刑事诉讼中的保障性措施，是一种诉讼行为，其目的是保证刑事诉讼的顺利进行，本身不具有惩罚性;行政拘留是治安管理的一种处罚方式，实质上是一种行政制裁，其目的是惩罚和教育有一般违法行为的人。
2、法律根据不同。
刑事拘留是依据刑事诉讼法的规定而采用的;行政拘留则是根据行政处罚法、治安管理处罚条例等行政法律、法规而采用的。
3、适用对象不同。
刑事拘留适用于刑事案件中涉嫌犯罪的现行犯或者重大嫌疑分子。行政拘留适用于有一般违法行为的人。两者有着罪与非罪的界限。
4、羁押期限不同。
对于一般现行犯、重大嫌疑分子刑事拘留的最长期限是14日，对流窜作案、多次作案、结伙作案的重大嫌疑分子的最长拘留期限为37日。而行政拘留的最长期限是15日。
刑事拘留会不会留下案底，这是要视情况而定的。对于证据不足或者情节显著轻微尚不构刑事处罚的嫌疑人公安机关应当立即予以解除刑事拘留，就是说释放，视情况而定也可以给予行政拘留处罚，也就是说被刑事拘留以后有可能会有案底（被刑事处罚或者行政处罚），但是还有另一种情况就是无罪释放，这样是不可能留下案底的。